En efecto, la enseñanza terciaria se inauguró aquí en 1607, cuando los jesuitas fundaron en Córdoba el colegio Máximo, dedicado a dotar a la diócesis de sacerdotes aptos para el culto. Lejos pues de promover el desarrollo de las ciencias y de las artes, esa instrucción propagó el oscurantismo, las supersticiones teológicas, la negación del conocimiento. Ahí tenemos un primer dato del diferente desenvolvimiento económico de lo que sería la Europa Industrial respecto de las colonias españolas de América. Sobre la base del colegio Máximo, e impulsada por el obispo Hernando de Trejo y Sanabria -otro jesuita-, nació en 1623 la Universidad de Córdoba (hasta hoy se la llama "casa de Trejo"), si bien estuvo impedida de conceder grados hasta 1664.

Los curas Oñate y Andrés de Rada redactaron sus primeras constituciones y ordenanzas.
El sistema pedagógico era allí el de todas las escuelas jesuíticas, ajustado al programa llamado Ratio Studiorum, según el cual el maestro debía leer en voz alta las lecciones y los alumnos repetirlas, también en voz alta, hasta aprenderlas de memoria. El contenido de las lecturas no podía discutirse y menos ser alterado por razonamiento alguno, y el reglamento indicaba hasta la forma en que debían colocarse las manos sobre el pupitre.
Esa fue la obra pedagógica de la Companía de Jesús en los orígenes de la universidad argentina.
En aquella parodia de universidad se enseñaban "artes" y teología, y sólo podían ingresar en ella quienes aprobaban un riguroso examen previo... de latín. Más tarde se agregaron cátedras de escritura y de "historia sagrada".
Allí se obtenían títulos de bachiller y licenciado y el de doctor estaba reservado a las carreras de "orden sagrado". Por supuesto, todo el personal académico pertenecía a la Compañía de Jesús y el rector, el vicerrector y el cancelario o prefecto director de estudios eran nombrados directamente por la jerarquía jesuítica.

Las cosas no cambiaron mucho cuando Carlos III decidió expulsar a los jesuitas y dejar la universidad cordobesa en manos de los franciscanos. Vale indicar, en cambio, que aquella expulsión significó la primera intervencion de una fuerza armada en una universidad de lo que luego sería territorio argentino; promovió además, una disputa bajísima entre franciscanos y jesuitas, quienes intercambiaron abundante inmundicia con acusaciones mutuas de todo tipo.
Los docentes, nombrados por el virrey, "carecían de libertad para elegir la materia de enseñanza, pues el rector elegía anualmente las que serían objeto de lectura al año siguiente y los textos que debían emplear, estándoles permitido únicamente sintetizar por escrito la materia y sustituir la lectura por el dictado, siempre que se dedicara a su explicación una parte de la clase" -1-

Los estudiantes tenían terminantemente prohibido consultar cualquier texto no indicado por la cátedra, ni podían sostener doctrinas ni ideas contrarias a las de los textos oficiales:
"El objetivo de esas prohibiciones era impedir la entrada a ideas peligrosas para la doctrina y la autoridad real. Justamente esto fue lo que fundamentó la oposición a la creación de una universidad de Buenos Aires, pues esta ciudad, por su constante contacto con el exterior debido a la actividad de su puerto, era proclive a las influencias externas: Córdoba, por su mediterraneidad, vivía alejada de ese peligro" -2-.

Mientras tanto, en la universidad de Charcas (hoy Sucre, Bolivia) germinaban las ideas independentistas y de allí saldrían varios de los líderes de Mayo. En Córdoba, al recibir su título, los graduados debían jurar obediencia al rey, a sus ministros y a sus leyes, al rector y a las constituciones de la universidad.
Todavía en 1800 la ausencia de desarrollo industrial en el virreinato del Río de la Plata se advierte en una cédula real de ese año, que ordenaba constituir en Córdoba las siguientes cátedras: dos de latinidad, tres de filosofia, dos de leyes, dos de cánones (curas), tres de escolástica y una de moral. Sólo en 1809 el deán Gregorio Funes logró introducir en esa universidad una cátedra de matemática (álgebra, aritmética y geometría), en un intento de dar a "licenciados" y "doctores" algún principio de conocimiento práctico, más vinculado con las necesidades terrenales que con el culto a los cielos.
Paralelamente, poco a poco, Buenos Aires procuraba vencer las resistencias de la administración colonial a la instalación de una universidad porteña y el 2 de marzo de 1801 se inauguró el primer curso de la Escuela de Medicina, con quince alumnos inscriptos en Anatomía. Federico Engels sostuvo: "el hecho de que la sociedad sienta una necesidad técnica incentiva más la ciencia que diez universidades".

La precariedad de los estudios superiores en el virreinato indica que el desenvolvimiento económico no generaba aún tales necesidades, y por eso las universidades sólo eran fábrica de curas, teólogos. abogados y, en fin, de charlatanes de los más variados pelajes.
Fue por necesidad, si bien no duró mucho, que la facultad de Medicina y Cirugía de Buenos Aires, creada por la Asamblea General Constituyente de 1813 y que jamás llegó a funcionar, se transformó en Instituto Médico Militar para proveer médicos y cirujanos a los ejércitos que luchaban por la independencia.
Fue su director y profesor el doctor Cosme Argerich, pero, al morir éste en 1820, el Instituto dejó de funcionar y el gobernador de Buenos Aires, Martín Rodríguez, lo suprimió el 12 de setiembre de 1821.

Los revolucionarios de mayo no se vieron obligados a impulsar la fundación de una universidad ni a promover estudios avanzados: sólo la industria podía crear tal necesidad, y no estaba presente a orillas del Plata. Sin embargo, las nuevas ideas libertarias que la revolución había traido cumplieron su papel en materia educacional: los jóvenes se inclinaban ahora, en su mayoría, por el estudio de las matemáticas. y eran pocos los que preferían la filosofía o la teología.

Por cierto, los aires de la Revolución Francesa llegaron a estos pagos enrarecidos por lagañas teológicas. En 1816 el presbítero Antonio Sáenz fue comisionado por el director supremo, Ignacio Alvarez Thomas, para firmar con el obispado de Buenos Aires un concordato sobre jurisdicción y rentas eclesiásticas. con la finalidad de organizar una universidad.
El edicto que dispuso crear la Universidad de Buenos Aires fue firmado un lustro más tarde, el 9 de agosto de 1821, por Bernardino Rivadavia. y el 12 de agosto se la inauguró, como no podía ser de otro modo... en la iglesia de San Ignacio.
Cierto es que por primera vez se enseñaban aquí materias liberales: fisico-matemática, economía política, dibujo, química general, geometría descriptiva, cálculo, mecánica de fluidos y de sólidos, física experimental y astronomía.
Las necesidades de desarrollo burgués del país comenzaban a empujar, pero tardíamente: las diferencias de esta economía con la europea estaban dadas por la distancia entre los telares manuales de La Rioja por un lado y los telares mecánicos de los gigantes industriales de Birmingham por otro.

De todos modos, el ciclo colonial de la universidad argentina puede darse por terminado en 1815, cuando el deán Funes, rector de la Universidad de Córdoba, elaboró un nuevo plan de estudios que rompía con la escolástica y con las doctrinas de Aristóteles, si bien Funes se cuidó mucho de adherir a las nuevas corrientes emanadas de la Revolución Francesa.
Conviene subrayar que ya entonces, producto de la miseria material de la cual surgía, la universidad se debatía en la falta de presupuesto: no se la podía proveer de material didáctico ni de profesores bien remunerados. y hubo que continuar con la práctica de crear cursos cada dos años.

También en Córdoba, en 1824, el gobernador Bustos -histórico caudillo federal- suprimió la autonomía universitaria: por decreto del 18 de diciembre de ese año ordenó que la universidad quedara bajo directa inspección del gobierno. En 1831 el gobernador Reinafé quitó al claustro universitario la atribución de nombrar sus propias autoridades y desde entonces el rector se convirtió en empleado de la administraclón.

La autoridad provincial destituía profesores y designaba reemplazantes al socaire de la cambiante política.
En realidad, si ha de desarrollar ciencia, la universidad necesita la más absoluta libertad de investigación y no puede estar sujeta a los cambios de gobierno para decidir sus planes estudio y la composición de su cuerpo docente: tal es el sentido de la autonomía universitaria desde el punto de vista burgués.

Por otra parte, aquella universidad era tan elitista que no se limitaba a seleccionar a sus alumnos por su capacidad económica, cosa que hasta hoy sucede; además. entre 1832 y 1834, el claustro de la Universidad de Córdoba se negó a admitir alumnos que no fueran "de limpio linaje".
Juan Manuel de Rosas también sometió a la universidad a sus propias necesidades politicas, que no coincidían por cierto con las del desarrollo industrial del país -tampoco habia posibilidades de que tal cosa ocurriera-, ni con las de una ilusoria incorporación autónoma de la Argentina a los mercados mundiales.

Rosas, como se sabe, respondió con mano dura a las conspiraciones internas y externas contra su gobierno y esto también se hizo sentir en materia universitaria: el 20 de junio de 1835, por sugerencia del rector Gari, el gobernador de Buenos Aires firmó un decreto que incorporaba a la fórmula de juramento de los egresados el compromiso de ser "constantemente adicto y fiel a la causa nacional de la Federación y que no dejará de sostenerla y defenderla en todos los medios y circunstancias, por cuantos medios estén a su alcance".

En 1838 la agresión militar francesa contra la Argentina y el bloqueo naval a Buenos Aires generaron una difícil situación económica, que obligó al gobierno a retirar cualquier respaldo financiero a la universidad.
La medida tenía carácter transitorio, pero duró mucho más que el bloqueo francés. La universidad siguió funcionando porque los profesores trabajaron gratis -en realidad eran mantenidos por la oligarquía que enviaba sus hijos a clase-, y los estudiantes pagaban un arancel mensual de 30 pesos, una fortuna.
Esa cuota se había elevado en 1852 a 75 pesos. Los alumnos pobres podían concurrir sin pagar, pero en la práctica, como siempre sucede en esos casos, sólo iban los ricos.

Durante los años de Rosas "la universidad quedó prácticamente convertida en un instituto privado sometido a la autoridad estatal. Su labor científica decayó ostensiblemente y muy pocos textos fueron publicados" -3-

Días después de Caseros, el 27 de febrero de 1852, el gobernador provisorio de Buenos Aires, Vicente López, promulgó un decreto que decía: "Queda totalmente derogado el salvaje e inicuo decreto del 27 de abril de 1838. Todos los gastos de enseñanza y sostén de la universidad, incluso los del mes corriente, quedan a cargo del Tesoro público, como debe ser y como fue siempre".